Muss es denn wirklich eine fortlaufende, oder nur eindeutige Rechnungsnummer sein...ich würde in so einem Fall einfach
A0001,A0002,A0003...usw für Shop A und
B0001,B0002,B0003...für Shop B nehmen.
Finde ich sogar sauberer, da du so die Rechnungsnummer direkt einem Shop zuordnen kannst.
Grüße
Oli